Java EE Applikationen werden nicht „direkt“ auf dem GlassFish installiert, sondern vielmehr in einer Domäne. Es können beliebig viele Domänen auf einem Server betrieben werden, jede Domäne enthält auch einen eigenen Administrationsbereich. Im Produktivbetrieb sind mehrere Domänen pro Server unüblich.
Domänen können als Java-Maschinen betrachtet werden, in denen EJB- und Web-Container laufen. Instanzen sind Laufzeitumgebungen für alle darin enthaltenen Komponenten und Module. Von Domänen können Instanzen erzeugt werden, wobei jede Instanz unterschiedliche Konfigurationseinstellungen haben kann. Zur Laufzeit kann eine Konfigurationsinstanz genau einer Domäne zugeordnet werden. Weiter wird zwischen Standalone-Instanzen und Cluster-Instanzen unterschieden. Cluster-Instanzen werden, wie der Name schon sagt, zum einrichten von Clustern einsetzen. Dabei werden alle Cluster-Instanzen einer Anwendung auf einem eigenen Rechner (dann auch als Node bezeichnet) in einer Serverfarm installiert. Danach werden Cluster aus Administrationssicht wie ein einheitliches System betrachtet.
